2026年起农产品进项抵扣大变：加计扣除取消后，4种凭证怎么算全解

你有没有这种感觉：工厂进了一批玉米，会计拿着发票发愁——这进项税额到底怎么算？按老规矩还是新规矩？2026年增值税法正式落地之后，农产品抵扣这事儿还真变了不少，而且最关键的一条：生产13%税率货物的农产品加计扣除政策，2026年1月1日起直接取消了。今天咱们就把农产品进项抵扣的门道彻底说清楚。

一、变了什么？先说最重要的那一条

先记住一个截止日期：2026年1月1日。这一天是分水岭，从这天起，农产品加计扣除政策不再执行了。

啥叫加计扣除？举个例子你就明白了。2025年12月31日之前，食品厂买玉米用来生产酱油（13%税率的货物），发票税率是9%，但允许再额外抵扣1%，相当于按10%算进项。2026年1月1日起，这项优惠没了——发票上税率是多少，就按多少抵扣，没有额外的1%了。

根据《财政部 税务总局关于增值税法施行后增值税优惠政策衔接事项的公告》（财政部 税务总局公告2026年第10号）第五条（二）项，2026年起农产品抵扣直接按票面税额来。具体怎么算，后文详细拆。

二、四种常见场景，手把手教你算

场景一：从一般纳税人手里买农产品，拿到专票

这是最简单的情况。发票上注明的增值税税额，就是你能抵扣的进项税额。

举例：深圳某食品厂从一家一般纳税人贸易公司购进小麦，专用发票上注明金额10万元、税率9%、税额9000元。那么这家食品厂可以抵扣的进项税额就是9000元。

注意：这里说的”一般纳税人”，指的是开具发票给你的那一方，不是你自己。

场景二：从海关进口农产品，拿缴款书抵扣

从境外进口农产品，海关会给你开一张海关进口增值税专用缴款书。抵扣规则跟上面一样：缴款书上注明的增值税税额，就是你能抵扣的进项税额。

举例：某油脂企业从巴西进口大豆，海关缴款书上注明关税完税价格200万元，税额18万元。这18万元全额抵扣，没有折扣。

场景三：从小规模纳税人手里买农产品，取得其开具的专票

这里分两种情况，要看清楚。

第一种：小规模纳税人用的是征收率（3%），给你开了3%的专票。这种情况不能按票面税额抵扣，而是要用9%扣除率来算。公式如下：

可抵扣进项税额 = 发票上注明的金额（即”不含税金额”）× 9%

举例：某罐头厂从村里合作社（小规模纳税人）收购水果，合作社开具了3%征收率的增值税专用发票，票面金额5万元、税额1500元、价税合计5.15万元。罐头厂可抵扣进项 = 5万 × 9% = 4500元，而不是票面上的1500元。

这里要注意，金额是”不含税金额”，不是那个5.15万的总数。

第二种：比较特殊，小规模纳税人选择了放弃减免、按照3%缴纳增值税后开具的专票——但说实话，现实中这种情况极少，因为小规模纳税人通常不会放弃免税待遇。

场景四：向农业生产者自产农产品，免税但可以抵扣

农业生产者销售自产农产品免征增值税，这个政策2026年继续有效。但免了增值税，对方就开不出专用发票来了。这种情况下，企业要怎么抵扣？

方法：自行开具农产品收购发票或取得销售发票，按9%扣除率计算抵扣。

举例：某乳业公司从当地养牛农户手里收购鲜牛奶，向农户开具农产品收购发票，收购金额20万元。则可抵扣进项 = 20万 × 9% = 1.8万元。

这里有个坑要提醒：农产品收购发票只能由收购方自己开具，销售方不能自行开具。而且必须是”农业生产者自产”的农产品，贸易商转手的农产品不能开收购发票。

三、买来的农产品，用于不同用途怎么扣？

同样的玉米，用途不同，抵扣方式也不一样。这个问题是实务中最容易出错的。

用途一：直接销售（买进来再卖出去）

比如贸易公司买进玉米再卖出，按9%扣除率抵扣。

用途二：用于生产13%税率的货物（最常见的坑）

2026年1月1日起，取消加计1%优惠。简单记：你把农产品拿去生产酒、化妆品、香烟这类13%税率的货物，现在抵扣规则跟其他用途一样，都是按9%算。

举例对比：2025年12月，酱油厂买玉米用了生产酱油（13%税率），按10%算进项；2026年1月后，同样买玉米生产酱油，只按9%算进项了。假设不含税金额100万元，后者比前者少抵了1万元。

用途三：用于生产9%或以下税率的货物

比如买玉米做饲料（9%税率）、做罐头（9%）、做粮食白酒（按13%但要看具体品目），都统一按9%扣除率抵扣进项。

用途四：出口退税的农产品

出口农产品享受免抵退或免退税政策的，进项抵扣另有规定，这块比较复杂，建议单独研究。

四、实务中三个高频问题

问题一：农产品普票能不能抵扣？

不能。农产品增值税抵扣，必须取得增值税专用发票（或海关缴款书、收购发票），普通发票不在抵扣范围内。如果对方给你开的是普通发票，这笔支出是不能做进项抵扣的。

问题二：发票开错了税率怎么办？

比如小规模纳税人本该开3%税率的发票，结果开成了9%，这时候这张发票能不能用？能抵多少？

原则是：以发票上列明的税额为准——也就是说，如果这张发票税率写的是9%，你就按9%计算抵扣；如果票面税率明显错误（比如小规模开成13%），这张票可能存在合规问题，需要联系开票方作废重开。

问题三：既有免税项目又有应税项目，农产品怎么分配？

企业同时经营免税项目和应税项目时，购进农产品无法划分用途的，需要按比例分摊抵扣。根据财政部 税务总局公告2026年第13号，当期不得抵扣的进项税额按销售额比例计算划转。

五、一张表总结全部抵扣方式

取得凭证	适用情形	抵扣金额
增值税专用发票（一般纳税人开具）	从一般纳税人处购进	发票上注明的税额
海关进口增值税专用缴款书	从境外进口	缴款书上注明的税额
增值税专用发票（小规模开具，3%征收率）	从小规模纳税人处购进	金额 × 9%
农产品收购发票	向农业生产者自购	收购金额 × 9%
农业生产者销售发票	向农业生产者购买自产农产品	金额 × 9%
普通发票	任何情形	不得抵扣 ❌

六、实操建议：财务人员现在该做什么？

第一，立刻核查合同和供应商。如果你是生产13%税率货物的企业（酒类、化妆品、精制茶等），2026年买农产品的成本实际上变相增加了1%。建议跟供应商重新谈价，把这1%的影响考虑进去。

第二，更新ERP系统和会计核算规则。取消加计扣除这件事，很多系统里的进项税额计算公式还没更新过来。如果你的系统是自动计算抵扣税额的，赶紧联系IT或服务商把规则改掉。

第三，梳理供应商结构。同样是小规模纳税人，有的只能开3%的票，有的可以选择开3%或不免税——搞清楚这些区别，能帮你省不少冤枉钱。

第四，保存好凭证。农产品收购发票从开票到入账，每个环节都要留足证据链。一旦遇到税务稽查，发票背后的业务真实性是第一关。

说到底，2026年农产品抵扣新规的核心变化就是一条：加计扣除取消了，其他规则基本平移了增值税法的规定。记住了这一点，在日常操作中就不容易出错。